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上述計算的單位深度仍需乘上地下水補注區面積，才能得到溫泉可用水量的實際數量，溫泉地下水補注區的劃設需要先決定補注目標地點，然後由該點的地形、地質、地層條件作劃設，劃設原則分為上游劃設方式及下游劃設方式兩種：
(1) 補注目標上游補注區劃設原則
依坡地水文學原理，雨水在山頂補注區入滲後，地下水位及其流動方向依地形坡度變化，淺層地下水分界與分水嶺稜線大致相同，而中層、深層地下水流動則由土壤及地層走向主控，但本區最上層的火山岩層在山頂處多為對稱分佈，厚度約 250~350 公尺，其流動可假設依地形坡度，與地表集水區相同，因此在山頂補注區以分水嶺稜線為劃分依據。
(2) 補注目標下游補注區劃設原則
補注目標多為溫泉鑽井，補注該井的區應包括至該井深度以下所屬整個地層，所以補注區下游界線將劃至所屬地質分區的邊界。但在接近山頂地區的補注區，溫泉井與地層的下方分界面高程差甚大，此時則以井深度達到的高程等高線為下游分區界限。在圖 1 中，馬槽補注區是前者以地層為界的例子，而大油坑則是後者以等高為界的例子。
圖 1：行義路 ( 磺溪嶺 ) 溫泉區地下水補注區
(3) 補注點上游區有明顯斷層或地層分界面
大屯山火山體地下水補注的特色，是不同時期火山噴發物的交界面及其基盤 的凹地末端部常見湧泉，各集水區約 250 公尺處分布著這些湧泉，形同切斷上游對下游的地下水補注，因此在溫泉取水位處集水區接近下游地區 ( 如磺溪嶺地區 ) ，其上游地區有明顯斷層或地質分層交界面、基盤凹地末端部，並有上述明顯地下水流出徵兆者，補注區上游界線將以地層分界線代替分水嶺作劃設，磺溪嶺地下水補注區是依本原則劃設定的一個例子 ( 圖 2) 。
圖 2：行義路 ( 磺溪嶺 ) 溫泉區地下水補注區(jpg檔案)